Il Consiglio Nazionale della Federazione, organo vicario del Congresso, è composto dai Presidenti e/o Legali Rappresentanti o loro delegati delle Associazioni nazionali socie e dai Presidenti delle FISH Regionali. Gli aderenti benemeriti e gli uditori territoriali partecipano alle riunioni del Consiglio Nazionale con diritto di intervento.
Il Consiglio Nazionale delibera a maggioranza semplice le iniziative idonee al conseguimento dei fini congressuali e procede, entro 3 mesi dal suo insediamento, alla redazione di un documento programmatico in cui vengono tracciate le direzioni dell’impegno futuro della Federazione e le strategie politiche di indirizzo alle attività della Giunta Nazionale.
Il Consiglio Nazionale delibera la costituzione dei gruppi di lavoro o osservatori, coordinati da un membro di Giunta Nazionale espressamente delegato sul tema.