Al Congresso, massimo organo deliberativo della FISH, partecipano i legali rappresentanti di tutte le organizzazioni federate, unitamente a tre delegati per ciascuna delle associazioni aderenti alla Federazione.
I delegati delle Federazioni regionali vengono eletti nei Congressi, o designati dai Direttivi regionali. Un eventuale delegato del rappresentante legale, e gli stessi delegati nominati da ciascuna organizzazione aderente, devono essere membri del rispettivo Consiglio Direttivo.
Tra i compiti del Congresso, quello di approvare il bilancio consuntivo presentato dal Consiglio Direttivo Nazionale, e quello di eleggere il Consiglio Direttivo Nazionale, il Collegio dei Revisori dei Conti ed il Comitato dei Garanti.
